Para a Secretaria de Meio Ambiente (Semma) a mancha escura na foz do rio Jacaraípe que tingiu de preto as águas da praia do Barrote é natural. Segundo a assessoria de imprensa da Semma, as chuvas que caíram no mês de abril contribuíram para o fenômeno. Um vídeo feito com drone pelo morador do balneário, Wiliam Andrade, no final de abril, teve grande repercussão nas redes sociais.
A assessoria da Semma acrescentou que por conta das chuvas mais sedimentos naturais ficam em suspensão na água do rio Jacaraípe e se espalham com mais intensidade no mar na região da praça Encontro das Águas, atingindo pontos em que a pluma comumente não está presente.
A Semma também diz que o estudo da Cesan/Serra Ambiental que aponta baixa presença de esgoto no rio, e que não é este tipo de resíduo que provocou a mancha, é confiável. Desde 2015 a Cesan/Serra Ambiental são responsáveis pela gestão do esgoto da cidade através de uma Parceria Público Privada (PPP).
A afirmação de que há pouco esgoto no rio Jacaraípe é contestada por ambientalistas, moradores e surfistas da região. Eles alegam que o rio recebe as águas das lagoas Jacuném e Juara, atualmente poluídas por esgoto doméstico e industrial. E também os córregos das Laranjeiras e Doutor Róbson, transformados em valões a céu aberto. Questionam ainda o porque do mau cheiro nas águas da praia do Barrote em pontos onde há a mancha escura.